MacBook Pro Retina, 13-inch, Late 2012 を使っていますが、
たまに、開いているウィンドウが画面外に出てしまうことがありませんか？
普段デュアルディスプレイで使用していて、
打ち合わせ等でディスプレイ接続を切った際などに良く起こります。
そんなときの対処法。
Spectacleというアプリで解決！
Spectacleは、
ショートカットを使って、ウィンドウのサイズや配置を操作することができるアプリ（無料）です。
http://spectacleapp.com/
例えば画面の左半分と、右半分にウィンドウを分けて使いたい場合に、
ドラッグして、移動して、ウィンドウの端を引っ張って。。。という作業を、
ショートカットでやってくれるというアプリです。
ショートカット例
Left Half:
option + Command + ←
Right Half:
option + Command + →
Upper Left:
control + Command + ←
Upper Right:
control + Command + →
根本的な解決方法ではありませんが。。。
アプリの説明ばかりになってしまいましたが、
ウィンドウが画面外に行ってしまって、どうにもできなくなった場合に、
この機能を使って、強制的に配置させてしまいましょう！
根本的な解決方法ではありませんでしたが、
いざという時の対処法でした。